@takeshou: knitrパッケージのpurl()関数が思ったより便利でびっくりした。Chunkで「eval=FALSE」を指定していると、ちゃんとコメントアウトされる！Rmdを開いている時のRun Allもこの仕様にすべきだろう。ついでにエラーが出ても最後まで実行するオプション…