RStudioでKnit HTML
(2013/12/17追記)結局HTMLで書いてまとめ直して、R on Windowsの「RStudioでKnit HTML」にアップロードしなおした。なので、今後、このエントリに変更は加えません。もちろん、コメントはいつでもウェルカムです。
「どのコードで、どの出力だったか」を簡単に確認できる形で残しておかないと、コードと出力の管理が破綻しだしたので、今まではせっせと「.R」ファイルを残してきたけど、これからは「.Rmd」ファイルに記述して、Knit HTMLしてHTMLファイルも残すことにした。これからもちょっとしたメモはTwitterでつぶやいていくとして、今までにつぶやいたいくつかのメモとTipsをまとめてみた。このメモは、アップデートしていくかもしれないし、このまま放置するかもしれない。
タイトルと見出し
タイトル | #1つかタイトル行の下に=== |
見出し | #2つ〜6つ |
#を付けずに書いた文章は改行ごとに段落になるっぽい。
Rのコード
RのコードはChunkと呼ばれるエリアに書いていく。ChunksからInsert Chunk(Ctrl+Alt+I)で、「```{r}」と「```」が挿入されるので、その間に書けば良い。
Chunkのオプション
Chunkの開始タグ?「```{r}」内のrの後に1つスペースを入れて書き、カンマで区切っていく。
- 一つ目のオプションはChunkの名前になる。
- warningはwarning = FALSEで消せる。
- コードはecho = FALSEで表示しない(結果のみ表示する)。
- 繰り返しで出力した図はfig.keep = 'all'で保持される。
- results = 'asis'でそのままの出力となる。Defaultはmarkup。
- HTMLへの出力なので、dev = 'png'としてグラフィックデバイスにpngを選択した方がいい。ただし、png以外の形式でも残しておきたければ(たとえばメタファイルとか)、dev = c('png', 'win.metafile')などとしておく。このとき、HTMLレポートには最初に指定した形式が利用されるようなので、順番には気を付けた方がいい。
Tips
作成日時
Rmdファイルでは、タイトルの直後に以下の見出しとChunkを入れておくと、いつ作ったかがすぐわかる。
## このファイルの作成日時 ```{r timelog, echo = FALSE} Sys.time() ```
ちなみにChunkの名前がtimelogとなる。
表の出力(解析結果)
回帰の解析結果などを整形した形で出力するには、以下の見出しとChunkを入れておく。僕の場合は、以下のChunkの前に必ず解析用のコードと解析結果の出力を入れることにした。そうしておけば、Rでの標準の解析結果の出力(回帰式なども含む)と、整形済みの解析結果が並んで表示される。
## 整形済み解析結果 ```{r for output, results = 'asis', echo = FALSE} library(xtable) print(xtable(summary(res.lm)), type = "html") ```
Chunkの名前はfor output。スペースを間に入れても問題ない。